| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM180355 | = 990470 | 50 (0.700) | 15 (0.210) | 15/286 | 2.6 | 23.3% | intergenic (+1/‑648) | bglF1/tlpB1 | PTS system, beta‑glucoside‑specific IIABC component, bglF1/Transposase‑like protein B |
| ? | AM180355 | 992355 = | 49 (0.690) | coding (2/81 nt) | bglF1 | PTS system, beta‑glucoside‑specific IIABC component, bglF1 | |||||
GAGTTAAATGGTAAATACTTTACAAAACATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGAATTGCTGGAAACCCCTAAAGCTAACCA > AM180355/990323‑990610 | gagTTAAATGGTAAATACTTTACAAAACATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTtt > 1:277927‑M1/1‑148 (MQ=255) ggTAAATACTTTACAAAACATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGc < 1:1084568/149‑1 (MQ=255) gTAAATACTTTACAAAACATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggca > 1:100179‑M1/1‑138 (MQ=255) cTTTACAAAACATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCacac > 2:207725/1‑150 (MQ=255) ttACAAAACATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAGCTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGcac < 1:1129283/146‑1 (MQ=255) aCAAAACATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCg < 2:364994/149‑1 (MQ=255) cAAAACATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTg < 1:990592/150‑1 (MQ=255) aaaCATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGAc < 1:762703/150‑1 (MQ=255) gTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACttt < 2:37940/147‑1 (MQ=255) gTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACttt < 2:423042/147‑1 (MQ=255) cAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagt > 2:623614‑M1/1‑112 (MQ=255) cAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACttt < 1:166402/141‑1 (MQ=255) cAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACttt < 1:280234/141‑1 (MQ=255) cAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACttt < 1:111825/141‑1 (MQ=255) cAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACttt > 1:484064/1‑141 (MQ=255) ggAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaacc < 2:869111‑M1/150‑42 (MQ=255) gAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAAt < 2:738203/150‑1 (MQ=255) aaaaaaGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatct > 1:1026606‑M1/1‑97 (MQ=255) aaaaaaGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatct < 2:1028438‑M1/123‑27 (MQ=255) aaaaaaGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAAt > 1:1081/1‑149 (MQ=255) aaaaaGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTaaa < 2:378576/146‑1 (MQ=255) aaaaaGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTaaa < 1:27455/146‑1 (MQ=255) ggTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTaaa < 1:729512/141‑1 (MQ=255) aTAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAAt > 1:575052/1‑139 (MQ=255) aaaCTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTaaa < 2:442473/135‑1 (MQ=255) aaCTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAAt < 2:263747/136‑1 (MQ=255) atatCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaaccaatgataatataatttc < 2:92809‑M1/137‑59 (MQ=255) atatCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTaaa < 1:231402/129‑1 (MQ=255) atatCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAAt > 2:231818/1‑131 (MQ=255) atCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCt > 2:840797/1‑150 (MQ=255) tCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAAc > 2:593877/1‑147 (MQ=255) cGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAAcc < 2:1098309/147‑1 (MQ=255) gTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaaccaatgataatataatttcattagtattagctggta > 2:753363‑M1/1‑74 (MQ=255) gATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCta > 2:305872/1‑144 (MQ=255) ataGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATTGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAAcc > 1:832675/1‑139 (MQ=255) ataGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAAcc > 2:557401/1‑139 (MQ=255) aGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaaccaatgataatataatttcattagtattagctggta > 2:511534‑M1/1‑65 (MQ=255) gATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAgat > 2:343869/1‑149 (MQ=255) aaataaaaAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAgataggat < 1:151111/150‑1 (MQ=255) aaataaaaAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAgataggat < 1:207358/150‑1 (MQ=255) aaaaaaGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaaccaatgataatataatttcattagtattagctggtaattaagtta < 2:100359‑M1/140‑85 (MQ=255) aaaaGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAAcc < 1:933183/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATcc < 2:1084/150‑1 (MQ=255) ggTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAAt > 1:426147/1‑150 (MQ=255) ggTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAAt > 1:1062513/1‑150 (MQ=255) gTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAAt > 2:30268/1‑149 (MQ=255) gTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaaccaatgataatataatttcattagtattagctggtaattaagttaatttgactagagataagtaaattgattt > 1:1001823‑M1/1‑37 (MQ=255) gTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTg > 1:472831/1‑149 (MQ=255) aaCTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCAGATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGaa < 2:624405/149‑1 (MQ=255) cTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGa > 2:1093231/1‑146 (MQ=255) cTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGa > 1:159894/1‑146 (MQ=255) aCGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaaccaatgataatataatttcattagtattagctggtaattaagttaatttgactagagataagtaaattgatttaaaag < 1:751935‑M1/148‑118 (MQ=255) cGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGaa > 2:1001932/1‑144 (MQ=255) cGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGaa > 2:740833/1‑144 (MQ=255) gTTATAGTAAACAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaaccaatgataatataatttcattagtattagctggtaattaagttaatttgactagagataagtaaattgatttaaaaggaa < 2:170613‑M1/145‑121 (MQ=255) gTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGAATTGCTGGAAAc > 1:500276/1‑150 (MQ=255) ttATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGAATTGCTGGa > 1:1113550/1‑146 (MQ=255) tataGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGAATTGCTGGAAAcc < 1:527462/149‑1 (MQ=255) gTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGAATTGCTGGAAACCCCTa > 2:953548/1‑149 (MQ=40) aaCAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaaccaatgataatataatttcattagtattagctggtaattaagttaatttgactagagataagtaaattgatttaaaaggaaataagtaaatcaac < 1:705419‑M1/150‑135 (MQ=255) aaCAATACATTTGATTttgggcaagtagtttcttgtaaatctagttatgtttcaaccaatgataatataatttcattagtatagctggtaattaagttaatttgactagagataagtaaattgatttaaaaggaaataagtaaatcaaca < 2:35713‑M1/150‑135 (MQ=255) aaCAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGAATTGCTGGAAACCCCTAAAGc < 2:471934/150‑1 (MQ=38) cATTTGTTTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATATAACCTATCCAATACTACATGAATTGTTGGAAACCCCTAAAGCTAAc > 2:964000/1‑147 (MQ=255) cATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGAATTGCTGGAAACCCCTAAAGCTAAc > 2:1088905/1‑147 (MQ=32) cATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGAATTGCTGGAAACCCCTAAAGCTAACCa > 2:740779/1‑149 (MQ=32) | GAGTTAAATGGTAAATACTTTACAAAACATGTTAATCAAGGAGATTTAGTGAAAAAAGGTGATAAACTTATATCGTTTGATATAGATAAAATAAAAAAGGCTGGTTATGATGTAACTACGCCAGTTATAGTAAACAATACATTTGATTAAAAAATAGCTACGCACACTCGTGACTTTAGTCATGAGTTAGTAGCTAAAATAGTCAGCATATAGGGAAACCTATATGTAGAGATAGGATAGAACCTATCCAATACTACTTGAATTGCTGGAAACCCCTAAAGCTAACCA > AM180355/990323‑990610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |